联盟旗帜的“队长”实际指驻防队长，也就是当前负责旗帜驻防的玩家部队和主将。更换时，先让目标玩家把部队派进这面旗帜，再由盟主或拥有联盟官员权限的R4打开王国地图，点击己方联盟旗帜，进入驻防部队列表，点当前驻防队长的头像或“调整驻防队长”按钮，选择目标部队并确认即可。该操作只改变旗帜采用的驻防队长，不会修改联盟旗帜的外观、归属或建造者；联盟哨站等可托管部队的建筑，也使用相近的驻防管理逻辑。
更换前必须满足两个条件：目标部队已经抵达旗帜内部，操作账号拥有盟主或联盟官员权限。普通成员只能派兵增援，通常看不到调整按钮；如果按钮缺失，应先确认是否点中了己方旗帜，而不是城市、敌方建筑或联盟标记，再检查账号是否仍是R4/R5。失落之地和王国内的联盟建筑都可以由有权限的官员调整驻防队长，部分旧攻略只写“有头衔的R4”是早期权限描述，实际应以当前界面能否出现管理按钮为准。
实战换队长时，推荐按照“先入场、再切换、后补兵”的顺序操作。第一步让备用队长携带准备好的主将和对应兵种进入旗帜；第二步打开旗帜驻防列表，将备用部队设为驻防队长；第三步通知原队长撤回或补充部队，避免旗内出现空缺。前期玩家统帅池较浅时，优先选择等级高、技能完整、兵力容量较大的队长，不要只看战力数值；中后期进入联盟战、王国战或失落之地后，则应根据敌方集结兵种切换步兵、骑兵或弓兵驻防配置，并提前安排至少一名备用队长。
最容易出错的是把个人城市驻防和联盟旗帜驻防混为一谈。点击城墙更换的只是城市守城将领，无法改变联盟旗帜队长；旗帜必须从王国地图直接进入建筑管理界面。另一个误区是目标玩家虽然在附近，却没有真正进入旗内，此时名单中不会出现可选部队；还要避免在敌方集结即将抵达时临时清空原队长，最好让替换部队提前在旗内待命。旗帜交战期间，驻防队长兵力降至零后仍可能继续坚守到战斗结束，因此不能简单把“兵力变少”当作已经自动换人的信号。
和平发育阶段只需固定一名稳定在线、兵力容量充足的队长即可；准备守旗时，应由联盟官员统一安排主将、兵种和备用顺序，并在集结开始前完成切换。确认新队长头像已经显示在旗帜驻防栏后，再让其他成员补兵，能够减少误把普通增援当成驻防队长的情况。若战场上需要连续更换多个建筑，优先处理正在被集结、连接要塞或承担断旗任务的关键旗帜，再处理后方建筑，避免管理权限和兵力分散。
